Un territoire géologiquement riche : des fluorites du Massif central aux cristaux de quartz des Alpes.
Le Massif central est la région minéralogique la plus riche de France. Les filons hydrothermaux de Fontsante (Var) et du Beix (Puy-de-Dôme) ont produit des fluorites de renommée mondiale, dans des nuances allant du vert émeraude au violet profond. Les améthystes du Puy-de-Dôme, bien que modestes en taille, présentent une couleur violette intense. Les zéolites du Puy-en-Velay (natrolite, analcime) et les minéraux volcaniques de la chaîne des Puys complètent ce tableau.
Les « fentes alpines » sont des cavités formées dans les roches métamorphiques lors de l'orogenèse alpine. Elles recèlent des cristaux de quartz fumé et de quartz hyalin de taille parfois spectaculaire (jusqu'à plusieurs dizaines de kilogrammes), accompagnés d'adulaire, de chlorite, de sidérite, d'épidote et de rutile. Le Mont-Blanc et le massif de l'Oisans sont les localités les plus célèbres. La collecte dans les fentes alpines demande expérience et prudence (altitude, terrain escarpé).
Le socle armoricain, composé de roches anciennes (précambriennes et paléozoïques), abrite des pegmatites riches en tourmaline, béryl et micas. La presqu'île de Crozon et l'île de Groix sont particulièrement intéressantes pour les minéraux de haute pression (glaucophane, lawsonite). Les anciens gisements d'étain et de tungstène de l'Armorique ont produit de la cassétérite, de la wolframite et de beaux quartz.
Les Pyrénées offrent des grenats (almandin) dans les micaschistes, des épidotes vert pistache, des axinites brunes et des cristaux de titane (rutile, sphène). Le Midi abrite également des sites célèbres pour la barytine (Auvergne), la calédonite et la linarite (Languedoc), et des opales de feu dans les formations volcaniques tertiaires. La Région de Sainte-Marie-aux-Mines (Alsace) fut l'un des plus grands districts miniers d'argent d'Europe au XVIe siècle.